Muzakarah Jawatankuasa Fatwa Majlis Kebangsaan Bagi Hal Ehwal Agama Islam Malaysia ke-74 pada 25-27 Julai 2006 memutuskan pemikiran Islam Liberal adalah sesat dan menyeleweng daripada syariat Islam.[7] Hujah yang digunakan adalah seperti Islam cuma satu, iaitu yang dibawa oleh Nabi Muhammad SAW menerusi al-Quran dan Sunnah.

Kerajaan Malaysia sebagai pemerintah Islam yang diamanahkan untuk menjalankan amar makruf dan nahi mungkar telah bertindak bijak dalam soal ini. Tindakan berasaskan siyasah syar’iyyah iaitu demi menjamin kesucian agama di samping membangunkan urusan dunia (hirasat al-din wa ‘imarat al-dunya). Melalui konsep tersebut maka pengharaman pemikiran-pemikiran tertentu adalah salah satu cara yang digunakan oleh pemerintah demi menyekat jalan-jalan (sadd al-zari’ah) yang boleh merosakkan aqidah dan pemikiran umat Islam.

Pemikiran adalah hak asasi setiap individu yang berakal. Dengan pemikiran juga lahirnya segala tingkah laku dan amal perbuatan. Hadith Rasulullah s.a.w. mengatakan: “Sesungguhnya setiap amalan itu dengan niat”.

Walau bagaimanapun terdapat pendapat yang mengatakan usaha menyekat pemikiran liberal dilakukan kerana tidak mahu orang Islam bersikap terbuka. Seperti kata Setiausaha Majlis Uskup-Uskup Katolik Malaysia, Brother Augustine Julian:[8]